用R画分子结构式与氨基酸表

发布于:2009年7月25日 18时5分

这个学期到北大听罗静初老师的ABC课,又学到了不少东西。其中有一次,他向我们展示了一张他精心排列的氨基酸表(该表的布局体现了各编码氨基酸的多方面性质和关系,估计会在他的新书中发表),让我印象颇为深刻,于是这些天我也模仿着自己排列了一次。由于对绘制分子结构式的软件我都不太了解,加上最近正好在研究R语言,所以就决定用R来尝试着练练手。

分享一下结果:

Table of Amino Acids

简单说明一下:

总体的思路,是按照氨基酸大小,从左到右、从上到下逐渐增大的顺序进行的,并让结构或性质相近的氨基酸尽量靠近。

  1. 首先,按行看,是根据侧链原子数(不包含氢)大小来排列的,第一行是0~2,第二行是3~4(Pro因为这个被放到这一行,并与Gly同在第一列),第三行是4~5(除了吡咯赖氨酸因为是由赖氨酸衍生而放在赖氨酸旁边),第四行是4~7,第五行则是更大的芳香族及含杂环的氨基酸。

  2. 其次,按列看,第一列只有Gly和Pro,都是比较特殊的小氨基酸,并往往对蛋白结构有影响(比如导致螺旋中断等);第二列都是疏水的脂肪族侧链的氨基酸(除Phe是芳香族外);第三列则是侧链含氧(羟基、羧基、酚羟基);第四列则是侧链含硫或氮;第五列则是碱性氨基酸(与第三列的酸性氨基酸相呼应)。而Trp与His因为都含有一个五元环,所以把它们排到了一起。

  3. 另外,在氨基酸表中采用这种分子结构式,也是模仿的罗老师在课上展示的画法,并且它对于记忆这二十多种氨基酸的结构的确很有帮助。

另外,根据各种性质标出表中部分氨基酸的图片:aa.pdf

所写的用来生成图片的R代码:

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